Mustajuuri on pitkä, kapea ja porkkanamainen juures, jolla on tummanruskea tai musta, karkea kuori. Kuoren alla oleva malto on valkoista ja kiinteää. Maku on mieto, hieman pähkinäinen ja makeahko, ja sitä verrataan usein parsaan tai kaurajuureen. Valitse kiinteitä, suoria ja halkeilemattomia juuria, noin 20–30 cm pituisia.